مردم بلتستان صد در صد مسلمان هستند. مردم اين منطقه در قرن هشتم هجري بدست مبلغان ايراني مسلمان شدند كه درباره آنها در فصل بعد بطور مفصل بحث خواهد شد.
در حال حاضر مردم بلتستان پيرو فرقه‌هاي شيعه، صوفية اماميه نوربخشيه، اهل سنت و اهل حديث مي باشند. هيچ يك از ساكنان بومي پيرو فرقه هاي اسماعليه و قادياني و مسيحيت نيست ولي عده‌اي از پيروان اين فرقه‌ها از مناطق ديگر آمده اند  و در اينجا زندگي مي كنند. وضعيت مذاهب مختلف بلتستان بطور خلاصه از قرار ذيل است :
1- شيعة اثني عشري
80 درصد مردم اين منطقه از شيعيان اثني عشري هستند. جمعيت آنها در سكردو حدود 90درصد، در خپلو حدود 10، درصد در شگر حدود 85 درصد، در كهرمنگ 98 درصد و در روندو وگلتري 100 درصد مي باشد  .
بعد از ورود اسلام حاكمان بلتستان هميشه شيعه بوده اند .فعاليت شيعيان در اين اواخر كمي بيشتر شده است ولي در سال هاي قبل از آزادي پاكستان فعاليت چنداني نداشته‌اند . بعد از آزادي پاكستان شيعه منظم شده و فعاليت ديني وسياسي را شروع كردند .كه در ده سال اخير به صورت گسترده فعال هستند. تعداد مدارس شيعيان در بلتستان زياد است. موسسه محمديه ترست كه بنيانگذار آن مرحوم شيخ حسن مهدي آبادي است در تمام مناطق بلتستان مدارس ديني دارد. غير از مدارس اين موسسه مدارس ديني ديگر نيز فعاليت دارند از جمله مدرسه جامعة النجف در شهر سكردو دائر است. و براي خواهران نيز حدود 5 مدرسه ديني ساخته شده است. از جمله يك مدرسه بزرگ در مركز سكردو تحت سرپرستي شيخ محمد حسن جعفري اداره مي‌شود. موسسات مذهبي شيعيان نيز فعال هستند از جمله موسسه اهل البيت عليهم السلام به سرپرستي شيخ محسن علي نجفي مشغول فعاليت هستند. شيعيان بلتستان در زمان رهبر فقيد شيعيان بلتستان علامه شيخ غلام محمد غروي مرحوم متحد و متفق بودند ولي بعد از ايشان در جامعة تشيع مشكلاتي بوجود آمده است. اين مشكلات بالخصوص از زماني شروع شد كه نهضت جعفري(تحريك جعفريه) به رياست علامه سيد ساجد علي نقوي به عنوان يك حزب سياسي در بلتستان وارد سياست شد و در مقابل حزب مردم به رياست خانم بينظير بوتو قرار گرفت. در اكثر مناطق بلتستان در مقابل كانديداي نهضت جعفري شيعياني بودند كه در حزب مردم و ساير احزاب عضويت داشتند و يا بعنوان آزاد شركت مي كردند . اين باعث شد كه بين شيعيان اختلافات شديدي بوجود آيد. و از همين جا شيعيان به دو گروه تقسيم شد يكي طرفداران نهضت جعفري و ديگري مخالفين نهضت جعفري. اين امر باعث شد كه شيعيان با وجود اكثريت در منطقه نتوانستند دولت محلي را تشكيل دهند.
2- صوفية اماميه نوربخشيه
 دربارة نوربخشيه در فصل دوم در باب فرقة نوربخشيه منسوب به سيد محمد نوربخش بحث خواهد شد و بخاطر تكرار و طولاني شدن مقاله از بيان آن اجتناب مي كنيم.
3- اهل سنت
حدود 2 در صد جمعيت منطقه مذهب اهل سنت هستند . درباره ورود اهل سنت به بلتستان در فصل دوم بحث خواهد شد. در حال حاضر اهل سنت در بلتستان فعاليت چنداني ندارند .البته اخيرا موسسه هاي خيريه و آموزشي سني در منطقه فعال شده و چند مركز داير نموده‌اند، اين مراكز از شهرهاي بزرگ پاكستان تغذيه مي شوند. اهل سنت در شهر سكردو و خپلو مسجد جامع دارند .
4- اهل حديث (وهابي‌ها )
حدود 3 در صد جمعيت منطقه اهل حديث هستند .اهل حديث بعد از آمدن اهل سنت به اين منطقه راه پيدا كردند ولي آنها توانستند در مدتي كوتاه فعاليت زيادي را انجام دهند .آنها در منطقه خپلو در موضع غواري يك دارالعلوم(دانشگاه) بزرگ داردند كه در آن حدود 1200 طلبه پسر و 600 طلبه دختر مشغول تحصيل هستند . در اين دارالعلوم دو بخش بزرگ دارد 1- كلية الدراسة الاسلامية 2- كلية الحديث در اين دارالعلوم 70 استاد فارغ تحصيل از دانشگاه مدينه دارند.
آنها در سكردو نيز يك مركز بزرگ دارند كه در آن فعاليت هاي فرهنگي، اجتماعي، اقتصادي وعلمي انجام مي شود ودر مركز خپلو و منطقه چهوربت نيز مراكزي وجود دارد. از لحاظ اقتصادي نيز در وضعيت خيلي خوب قرار داردند. همه ساله در بين مردم لباس و وسائل خوراكي تقسيم مي كنند.
5- دين  مسيحيت
 حدود يكصد سال پيش مسيحي ها فعاليت تبليغي خودشان را در اين منطقه شروع كردند .و دو كتاب بنام كهوم لوكهسي لم (راه نجات ) و رسول كني عمل (اعمال انبياء )را در سال 1920‌م به زبان بلتي ترجمه و چاپ نمودند و بعد از آن انجيل متي را به زبان بلتي ترجمه و چاپ نمودند .ولي آنها هيچ موفقيتي به دست نياوردند و در زمان آزادي پاكستان از اين منطقه رفتند اما در سال 1980 اعضاي انجمنهاي مسيحي وارد اين منطقه شدند كه  به عنوان درمانگاه خيريه فعاليت خودشان را شروع كرده اند. تا هنوز كسي اين دين را قبول نكرده است . چند موسسه مسيحي ديگر نيز مشغول فعاليت هستند.
6- قادياني ها
 در دهة شصت ميلادي توسط تاجران كشميري اين مذهب به بلتستان رسيد و از بلتستان شخصي در روستاي دم سم در منطقه خپلو اين مذهب را قبول كرد كه خودش مرده ولي پسرش بر اين مذهب باقي است اما كسي ديگر اين مذهب را نپذيرفته است. و اين مذهب به سبب انكار خاتميت پيامبر اكرم صلي الله عليه وآله وسلم در دهة هفتاد ميلادي در مجلس ملي پاكستان گروه اقليت شناخته شد. موسس آن غلام  احمد قادياني بوده است.
7- اسماعيليه
مذهب اسماعيليه در شمال پاكستان در منطقة هنزه و شهرستان غذر رواج دارد. اگر چه در بلتستان كسي پيرو اين فرقه نيست اما اسماعيليان از مناطق ديگر براي كسب وكار به بلتستان آمده و در آنجا زندگي مي كنند. اولين جماعت خانه(عبادت خانه) اسماعيليان در سال 1969 درشهر سكردو بنا شد. اسماعيليه فعاليتهاي چشمگيري در منطقه داردند كه در بخش موسسات غير دولتي به آن مي پردازيم.