از قرن دهم تا قرن دوازدهم ميلادي بلتستان گاهي بصورت مستقل و گاهي تحت تسلط تركستان اداره مي‌شد. و گاهي تحت تسلط كشمير بود. همانطور كه قبلا ذكر شد بعد از كشته شدن پادشاه تبت و مستقل شدن مناطق مختلف در هر منطقه حكومت مستقل روي كار آمد. در بلتستان نيز فرمانروايان مختلف حكومت مي‌كردند. در اواخر قرن دوازدهم ميلادي در سكردو خانوادة شكر گيالپو، در شگر خانوادة اماچا، در خپلو خانوادة يبگو، در روندو خانوادة لونچهي، در پوريگ خانوادة گاشو و در كهرمنگ خانوادة انتهوك حكومت مي‌كردند. در اواخر قرن دهم يا يازدهم ميلادي در بلتستان يك سيل بزرگ آمد. بخاطر گرماي زياد برف‌كوه‌ها آب شد و سيل خروشاني منطقه را فرا گرفت. اكثر مناطق از بين رفتند و بعد از اين خرابي بزرگ مردم جمع شدند و دوباره زمين‌ها را آباد كردند. در اين زمان شكري رگيالفو حاكم سكردو بود. وي فرزند پسر نداشت و فقط يك دختر داشت كه اسمش شكري بود. و وارث حكومت سكردو بود. و بين چهار وزير براي حكومت نزاع بود . طبق روايات محلي در اين زمان يك جوان بنام ابراهيم از كشمير به سكردو آمد. زمان او طبق نوشته آقاي حسين آبادي قريب به 1190‌م تا 1220‌م است. اين جوان خيلي فهيم و زرنگ بود و شهرت او در شهر سكردو پخش شد. وزراء دربار مصالحت نمودند و شكري را به ازدواج ابراهيم درآوردند و او پادشاه اين مملكت شد. و بنام مقپون مشهور شد. مقپه در زبان بلتي به داماد مي گويند. بعضي مي گويند كه اين كلمه مقپه بعد‌ها به مقپون تبديل شد و شهرت پيدا كرد؛ ولي بعضي اين كلمه را به معني سالار قوم گفته‌اند. دربارة ابراهيم در فصل دوم بطور مفصل بحث خواهد شد. بعد از ابراهيم شاه از سال 1220‌م تا1400م از خانوادة او 9 نفر در سكردو حكومت نمودند. در سال1237م سلطان سكندر پادشاه كشمير به بلتستان حمله كرد و آن را تحت تسلط خود درآورد. در اين سالها جنگ‌هاي سختي با حاكم كاشغر در اين منطقه در گرفت. در سال 1490‌م مقپون بوخا به حاكميت سكردو رسيد. و تا سال 1515‌م در سكردو حكومت كرد. درباره مقپون بوخا حشمت الله خان مي‌نويسد : بوخا پسر بهرام در زمان شيرخواري پدرش را از دست داد. حاكم كهربوكهر از اين فرصت استفاده كرده و به سكردو حمله كرد. و حكومت سكردو را بدست گرفت. و تمام مرد‌هاي خانوادة مقپون را كشتند. بوخا كه كوچك بود پدر خوانده‌اش بنام ملاتم‌ زيرپا او را به كفالت خودش درآورد. حاكم كهربوكهر مي‌خواست او را نيز بكشد ولي وزير او بنام گچا كه زماني خدمت پدر بوخا بود به پادشاه گفت كه او يك بچه كر است و نمي‌ تواند هيچ كاري بر خلاف انجام دهد. و او را از اين كار منصرف كرد. بوخا به سن 18 سالگي رسيد و در خانه پدر خوانده‌اش چوپاني مي‌كرد. يك روز او روي سنگي كه بنام بردوسنياس معروف بود در نزديكي خانه‌اش خوابيده بود و مادر خوانده‌اش براي او غذا آورد. او ديد كه ماري بر بالاي سر بوخا سايه كرده است و بوخا خوابيده است. او ترسيد و سر و صدا راه انداخت. از صداي او مار غائب شد و بوخا از خواب بيدار شد. بوخا از مادرش شكايت كرد كه من يك خواب خوب مي ديدم كه يك لشكر بزرگ مرا با لباس‌هاي فاخر و زيبا بر روي يك تخت بزرگ مي برد. مادرش اين واقعه را به پدرش گفت. او گفت اين پسر يك روز حتما به حكومت مي‌رسد. او مي‌دانست كه بوخا وارث اصلي سكردو است. و براي اين كار با بزرگان دربار سكردو از جمله وزير گچا صحبت كرد و تمام وقت خودش را در اين كار صرف نمود و تمام طرفداران بهرام را جمع نمود. يك روز وزير گچا پادشاه را به بهانه شكار از شهر بيرون برد و او را به قتل رساند و بوخا را به تخت نشاند. و بر روي سنگ بردوسنياس تاج پادشاهي را بر سرش نهاد. و اين رسم تا زمان راجه احمد شاه آخرين حاكم مقپون در اين منطقه رائج بود. طبق گفته بعضي مورخان در عصر همين پادشاه مقپون قلعه معروف كهرفوچو ساخته شد و پايتخت حكومت سكردو به اين قلعه منتقل شد. بعد از او پسرش شيرشاه در سال 1515‌م جانشين او شد. در زمان او حاكم يارقند، سعيد خان به بلتستان حمله كرد. ميرزا حيدر گوركاني مي‌نويسد : خان در اواخر ميزان به بالتي آمد. از رؤساي بالتي بهرام جو طوق اطاعت را در گردن انقياد گرفته به سعادت پاي بوس سرير خلافت مصير مبادرت نموده ديگر تمام جويان بالتي تمرد و طغيان كه شيمه كفره و عدوان بود پيش گرفتند. به قلاوزي بهرام چو اول مرتبه قلعه شگار كه دارالملك تمام بالتي است در حمله اول فتح كردند و رجال ايشان علف خسام خون آشام لشكر سعادت انجام شد. و نساء و صغاير ايشان مع اموال غنيمت روزگار فرخنده آثار عساكر منصوره گشت. ديگر هر جا كه در آن كوهستان دستي رسيدي تقصيري نرفتي و هر جا كه قلاع و دره محكم بود كه دست حوادث از گريبان آن كوتاه بود بماند. بهرام چو كه ميرزا حيدر آن را ذكر كرده حاكم خپلو راي بهرام است. بعد از شيرشاه پسرش علي خان در سال 1540‌م به حكومت سكردو رسيد. در زمان علي خان، ميرزا حيدر به اجازه همايون پادشاه تيموري در هندوستان به كشمير حمله كرد و حكومت نازك شاه را بركنار كرد و خودش در كشمير حكومت كرد. و در سال 1548‌م به بلتستان و لداخ نيز حمله كرد و تحت تسلط خود در آورد. ملا قاسم را در بلتستان و ملا باقي را در لداخ والي قرار داد. طبق نوشته آقاي حسين آبادي در اين زمان پسر (مير دانيال شهيد) مير شمس الدين عراقي در سكردو بود. ميرزا حيدر او را به اجبار به كشمير برد و يك سال در كشمير زنداني نمود و در سال 957‌هجري طبق فتواي قاضي عبدالغفور و قاضي ابراهيم او را شهيد كردند. و بعد از اين واقعة تلخ در تمام مناطق شورش و سرپيچي شروع شد و مردم بلتستان والي ميرزا حيدر ملا قاسم را به قتل رساند. وقتي ملا باقي در لداخ اين خبر را شنيد فرار كرد و به دربار ميرزا حيدر رسيد. و در سال 958‌هجري خود ميرزا حيدر كشته شد. در سال 1588‌م غازي مير به حكومت رسيد. و از زمان او اوج قدرت حكومت سكردو شروع مي‌شود. و فرزندش علي شير خان انچن و نوه‌هايش آن را به اوج كمال رساندند. در زمان غازي مير مناطق روندو و كهرمنگ به قلمرو حكومت سكر دو اضافه شد. قبل از آن كهرمنگ تحت تسلط لداخ بود. بعد از غازي مير پسرش علي شير خان انچن به حكومت رسيد. در تاريخ آغاز حكومت او بين محققين اختلاف است. حشمت الله خان شروع حكومت او را 1595‌م نوشته است. آقاي حسين آبادي مي نويسد : طبق شواهد زمان علي شير خان معلوم مي‌شود كه او قبل از 1589‌م به حكومت رسيده بود. علي شير خان مشهور‌ترين و قدرت‌مندترين پادشاه بلتستان بود. او به لقب انچن معروف بود يعني اعظم و قوي. او در زمان پدر خود كهرمنگ، چكتن و پشكم را فتح نموده و اين مناطق را به حكومت سكردو ملحق نمود. در زمان حكومت وي تمام مناطق بلتستان از لداخ تا چترال در اختيار وي بود. او در ترويج اسلام نقش زيادي داشته است. درباره خدمات او به اسلام در فصل دوم بطور مفصل بحث خواهد شد. در سال 1586‌م اكبر بزرگ پادشاه تيموري هند به كشمير حمله كرد و با فتح كشمير، مرزهاي بلتستان با مرز حكومت تيموريان متصل شد. در سال 1589‌م از طرف حكومت دهلي شخصي بنام ايوب بيگ بعنوان سفير در بار تيموري به دربار علي شير خان انچن فرستاده شد. اين اولين سفير دربار تيموري به بلتستان بود. در نتيجه همين روابط دختر علي شير خان انچن با شاهزاده سليم ( جهانگير ) ازدواج نمود. چنانچه در سال 1000‌هجري از طرف حكومت دهلي حاجي ميرزا بيگ كابلي و ملا طالب اصفهاني به سكردو آمدند و دختر علي شير خان انچن را به همراه هدايا به دهلي برد. در سال 1000 هجري علي شيرخان انچن لداخ را تسخير نمود و پادشاه لداخ جميانگ نمگيل و عده‌اي از لشكريان او را درسكردو زنداني نمود و علي شير خان انچن با دختر جميانگ نمگيل ازدواج كرد. حملة علي شيرخان انچن را مولوي ذكاءالله درتاريخ هندوستان از ابوالفضل مورخ دربارتيموري نقل نموده است. درسال 1006 هجري پادشاه هندوستان اكبر اعظم به كشميرآمد و از والي كشميرخواست به بلتستان حمله كند و آنجا را تحت تسلط خود در آورد. اما به دليل دوري راه وكمبود آذوقه والي كشمير نتوانست اين كار را انجام دهد. به همين خاطر رأي پادشاه عوض شد و سه نفر ( ملا طالب اصفهاني و محمد علي كشميري و علي هولك ) را با اسب وخلعت وهداياي فراوان به دربار علي شير خان انچن فرستاد؛ و به آنها امر كرد كه در دوران اقامت خود در بلتستان از اوضاع اقتصادي و جمعيت و راهها و.... اطلاعاتي كسب كنند. چنانچه ملا طالب اصفهاني در مدت اقامت خود در سكردو گزارشي مفصل ترتيب داده و در آن درباره آداب و رسوم و مذهب و اقتصاد و حاكم و لشكريانش اطلاعات بسياري جمع آوري نمود. طبق نقل آقاي حسين آبادي : ابوالفضل مطالب اكبرنامه را از گزارش ملا طالب اصفهاني گرفته است؛ و اين گزارش در حال حاضر مفقود است. و نيز مي نويسد كه بعد از ملا طالب اصفهاني حاجي ميرزا بيگ كابلي هم مقاله اي را به تفصيل نوشته است. بعد از اين زمان روابط علي شير خان انچن با حكومت هند تيره شد. طبق نقل مولوي ذكاءالله از ابوالفضل و بدايوني در سال 1012 هجري علي شيرخان انچن به مرزهاي كشمير حمله كرد. مولوي ذكاءالله در ادامه مي‌نويسد وقتي كه علي‌راي( علي شير خان انچن) تبت بزرگ را فتح نمود واموال زيادي نصيبش شد؛ حرص و طمع مال و كشور گشايي او بيشتر شد و در سال 1014 هجري به مناطق مرزي كشمير حمله كرد. پادشاه هندوستان به حاكم لاهور قليج خان دستور داد كه لشكري قوي براي كمك به حاكم كشمير محمد قلي بفرستد. قليج خان 3500 نفر را به سركردگي سيف الله خان براي كمك فرستاد ولي علي رأي بدون اين كه بجنگد فرار كرد و لشكر هند تا جايي كه اسب ها مي توانستند بروند آنها را تعقيب نمودند. مولوي ذكاءالله در تاريخ هندوستان نوشته است كه حملة علي شيرخان بعد از فتح لداخ بوده و به علت فتح لداخ مصمم به فتوحات بيشتر بوده است و اين در حالي است كه فاصلة زماني بين حمله به لداخ و حمله به كشمير در حدود 12 سال بوده است. اصل ماجرا اين است كه در آن زمان حبيب چك واحمد چك در كشمير بر عليه حاكم قيام نموده وبه بلتستان فرار كرده بودند. بنا به نوشته آقاي حسين آبادي چون آن دو با علي شيرخان هم مسلك(شيعه) بوده اند علي شير خان آن دو را پناه داده بود. به هين سبب روابط بين علي شير خان انچن و حكومت هند تيره شد. حاكم كشمير محمد قلي خان تلاش مي‌كرد كه به بلتستان حمله كند ولي علي شير خان انچن او را در مرز كشمير شكست داده بود، لذا وپادشاه به والي لاهور حكم داده بود كه به والي كشمير كمك كند. پادشاه اكبر مي‌خواست بلتستان را فتح نمايد ولي نتوانست و قبل از نيل مرام خود درگذشت. و بعد از او جهانگير از سال 1609‌م تا 1620‌م واليان متعددي را در كشمير تعيين نمود و از آنها تعهد گرفت كه در ظرف دو سال بلتستان را فتح نمايند. ولي هيچ كدام آنها نتوانست بلتستان را فتح نمايد. بعد از اين حمله علي شير خان به طرف گلگت و چلاس لشكر كشي نمود و چترال را فتح نمود. فرنيكي در اين باره مي‌نويسد : بعد از فتح چترال علي شير خان درختي در چترال كاشت و يك سنگ بزرگ را سوراخ نموده و در آن درخت گذاشت. اين درخت تا سال 1915‌م در چترال بوده است. آن سنگ در داخل درخت فرو رفته بود. علي شير خان انچن يك سلطنت بزرگ را تأسيس نموده كه مرزهاي آن در شمال به كوه‌هاي قراقرم و تركستان، در جنوب به زوجي له، در شرق به پورانگ و در غرب به چترال متصل مي‌شد. اين سلطنت تا هند و ايران شهرت يافته بود و طبق نوشته آقاي حسين آبادي در تاريخ نوشته در ايران در دربار شاه عباس صفوي از فرنگستان روس كاشغر تبت ( بلتستان ) و هندوستان سفراء مي آمدند و اظهار دوستي مي نمودند. در دربار علي شير خان انچن با وجودي كه در نزديكي حكومت عظيم پادشاهان تيموري هند بود خطبه بنام پادشاه ايراني شاه عباس صفوي خوانده مي‌شد. شهيد ثالث قاضي نورالله شوشتري كه قاضي القضات دربار پادشاه اكبر بوده و در زمان جهانگير نيز مدتي بر اين منصب بود و در سال 1019‌هجري به شهادت رسيد. معاصر علي شير خان انچن بوده است. شيهد در كتاب خودش مي‌نويسد : تبت نام دو ولايت است قريب بكشمير يكي را تبت كبير گويند و ساكنان آنجا همگي كافرند و ديگري را تبت صغير ميگويند و در سنه الف مير علي راي كه الحال حاكم تبت است بتوفيق الهي تبت كبير را تسخير نموده و رؤساي كفر را بقتل رسانيد و بتخانهاي آنجا را درهم شكسته و اموال و خزاين بسيار بدست آورد و اهالي آنجا از زماني كه مير شمس مذكور بدانجا رسيد مسلمان شده‌اند.............. و با اينكه در جوار پادشاه عظيم الشان هندوستان واقعند خطبه بنام نامي پادشاه عاليجاه ايمان كلاه ايران سرير صفويه موسويه انارالله برهانهم الجليه ميخوانند بعد از علي شير خان پسر او احمد خان به حكومت رسيد. بعد از او برادرش عبدال خان به حكومت رسيد. او حاكم قدرتمندي بود اما او با برادرش آدم خان براي سلطنت نزاع داشت. آدم خان به دهلي فرار كرد. عبدال خان به لداخ حمله كرد و آن منطقه را تحت تسلط خود در آورد. و بسياري را كشت و بت خانه ها را خراب كرد به همين سبب لقب غازي بت شكن به خود داد. او فرمانروايي ستمگر و مستبد بود چنانچه افرادي زيادي را كشت. به همين خاطر در بلتستان به او آدم خور مي‌گويند. آقاي حسين آبادي مي‌نويسد كه او يك سگ داشت وقتي اين سگ مرد او زنان محل را جمع نمود و به آنها حكم داد كه براي اين سگ گريه كنند. از ترس او آنها شروع به گريه كردند ولي از چشم هيچكس اشك نمي ريخت. يك زن در اين وقت گفت : در مرگ تو دردي در دل نيست، پس چشم‌ها اشك نمي ريزد اي سگ عبدال خان. اين جمله الان هم در زبان بلتي ضرب المثل است. در سال 1637‌م آدم خان با لشكر حكومت هندوستان به رهبري ظفر خان به بلتستان حمله كرد عبدال خان و خانواده او را دستگير نموده و به هندوستان بردند. و حكومت به آدم خان رسيد. بعد از او پسرش مراد خان به حكومت رسيد و خودش را لقب شاه داد. و به شاه مراد معروف شد. شاه مراد بعد از علي شير خان انچن قدرتمندترين حاكم مقپون در بلتستان بود. او توانست قلمرو سلطنت مقپون را تا لداخ و چترال گسترش دهد. بعد از او شير شاه ثاني به حكومت رسيد. بعد از او محمد رفيع خان در سال 1681‌م به حكومت رسيد. از زمان او زوال حكومت مقپون شروع مي‌شود و در زمان او حاكم خپلو راجه حاتم خان به كمك حاكم لداخ گيالپو به سكردو حمله كرد. محمد رفيع خان نتوانست مقاومت كند. و در قلعه كهرفوچو محاصره شد. و لشكر حاتم خان تمام شهر سكردو را غارت نمود و طبق نوشته آقاي حشمت الله خان به نشانه فتح سكردو درب بزرگ قلعه سكردو بنام سنگي ستاغو (در شير) و چيزهاي ديگر را به خپلو برد. ولي آقاي حسين آبادي اين نظر را رد مي‌كند و مي‌گويد كه بردن درب قلعه سكردو در زمان رفيع خان درست نيست چرا كه اگر اين درست بود بعدا در زمان احمد شاه حاكم سكردو كه خپلو در تسلط سكردو بود آنها در را به سكردو بر مي‌گرداندند. او مي گويد: اين در در زمان حمله وزير دوگره زور آور سينگ به سكردو به تاراج برده شده است. در هر دو صورت اين در در حال حاضر در قلعه خپلو مي‌باشد ولي طبق روايات محلي بعدا كه درميان خانواده مقپون و يبگو روابط خانوادگي برقرار شد از روي اين در نام حاكم سكردو پاك شده است كه روي آن نوشته شده بود. بعد از محمد رفيع خان پسرش سلطان مراد در سال 1712‌م به جانشيني پدر به تخت نشت. وي بدست حاكم شگر راجه اعظم خان در رودخانه غرق شد و سكردو تحت تسلط شگر قرار گرفت كه تا سال 1727‌م در سلطه راجه اعظم خان بود كه بدست زنش كه خواهر سلطان مراد كشته شد. بعد از كشته شدن او محمد ظفر خان پسر سلطان مراد حكومت را به دست گرفت. از زمان وي جنگ‌هاي داخلي بلتستان شروع شد. او چند بار با حاكم خپلو جنگيد. و به شگر نيز حمله كرد و آن را تحت تسلط خودش درآورد. و بعد از فتح شگر به خپلو حمله كرد ولي حاكم خپلو به كمك حاكم لداخ وي را شكست داد. از سال 1765‌م تا 1800‌م علي شير خان ثاني حاكم سكردو بود. او پسر محمد ظفر خان بود. در عهد همين حاكم شاعر معروف فارسي‌گو سيد ابو الحسن تحسين رضوي درگذشت. او به همراه پدرش از كشمير به بلتستان آمده بود. و اصليتش ايراني بود. مجموعه اشعارش بنام ديوان تحسين است. نسخه قلمي آن در كتابخانه برات خپلو مي‌باشد. بعد از درگذشت علي شير خان پسر بزرگش احمد شاه در سال 1800‌م حكومت سكردو را بدست گرفت. او در دوران حاكميت خود به خپلو حمله كرد. و آنرا تحت تسلط خود در آورد. و يول سترونگ كريم را والي مقرر نمود و خودش به همراه اسيران به سكرود برگشت. ولي عهد احمد شاه پسرش شاه مراد بود. او در جواني درگذشت. احمد شاه پسر كوچك خود محمد علي خان را بخاطر جانبداري مادرش دولت خاتون خواهر حيدر‌ خان حاكم شگر ولي عهد خودش قرار داد و پسر بزرگش محمد شاه را از ولي عهدي محروم كرد. و او را از قلعه بيرون نموده و در يك خانه‌اي در اطراف سكردو جاي داد. محمد شاه از اين كار ناراحت شد. و به كمك علي شير خان كه از طرف احمد شاه حاكم كهرمنگ بود؛ به طرف كشمير فرار كرد. از طرفي ديگر در شبه قاره هند بعد از زوال حكومت تيموريان در شبه قاره هند سيك ها در لاهور به قدرت رسيدند. و سردار رنجيت سينگ اختيار حكومت را در دست گرفت. و در مدت مختصري ملتان، هزاره و اتك را نيز در قلمرو خود درآورد. او در سال 1819‌م كشمير را فتح نمود. در حمله كشمير دو برادر گلاب سينگ و دهيان سينگ خدمات زيادي را انجام داده بودند. براي همين پدرشان بنام كشور سينگ را حاكم كشمير قرار داد. حكومت سيك‌ها در جمون و كشمير به دست گلاب سينگ رسيد. او توانست تا سال 1837‌م لداخ، زانسكر، كرگل، سورو و دراس را به سلطنت خودش ملحق نمايد. در اين زمان پسر احمد شاه (محمد شاه) از سكردو به طرف كشمير فرار نموده و به گلاب سينگ پناه برده بود. از سوي ديگر حاكم كهرمنگ علي شير خان نيز از دست احمد شاه ناراحت بود چنانچه آنها محرمانه با سيك‌ها روابط برقرار نموده و آنها را براي حمله به بلتستان دعوت نمودند. احمد شاه پنجاه نفر را براي دستگيري محمد شاه فرستاد؛ كه آن وقت در لداخ بسر مي‌برد. و محمد شاه را در لداخ دستگير نموده به سكردو آورد و زنداني نمود. اين كار احمد شاه سيك‌ها را ناراحت كرد كه فرصت را غنيمت شمرده و به بلتستان حمله كردند. بدين ترتبب حكومت مقپون به پايان رسيد.