آيت الله خامنه اى از سال 1341 که در قم حضورداشتند و حرکت انقلابى واعتراض آميز امام خمينى عليه سياستهاى ضد اسلامى و آمريکا پسند محمد رضا شاه پهلوى، آغاز شد، وارد ميدان مبارزات سياسى شدند و شانزده سال تمام با وجود فراز و نشيب هاى فراوان و شکنجه ها و تعبيدها و زندان ها مبارزه کردند و در اين مسير ازهيچ خطرى نترسيدند. نخستين بار در محرّم سال 1338 از سوى امام خمينى (قدس سره) مأموريت يافتند که پيام ايشان را به آيت الله ميلانى و علماى خراسان در خصوص چگونگى برنامه هاى تبليغاتى روحانيون در ماه محرّم و افشاگرى عليه سياست هاى آمريکايى شاه و اوضاع ايران و حوادث قم، برسانند. ايشان اين مأموريت را انجام دادند و خود نيز براى تبليغ، عازم شهر بيرجند شدند و در راستاى پيام امام خمينى، به تبليغ و افشاگرى عليه رژيم پهلوى و آمريکا پرداختند. بدين خاطر در 9 محرّم «12 خرداد 1342» دستگير و يک شب بازداشت شدند و فرداى آن روز به شرط اينکه منبر نروند و تحت نظر باشند آزاد شدند. با پيش آمدن حادثه خونين 15خرداد، باز هم ايشان را از بيرجند به مشهد آورده، تحويل بازداشتگاه نظامى دادند و ده روز در آنجا با سخت ترين شرايط و شکنجه و آزارها زندانى شدند.